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Die äußersten Landesstellen
Die nördlichste Landesstelle Deutschlands befindet sich auf der Halbinsel Ellenbogen auf Sylt, die nördlichste Festlandsstelle des Staats liegt an der Westküste Schleswig-Holsteins am Rickelsbüller Koog, sein südlichster Punkt bildet das Haldenwanger Eck südlich von Oberstdorf (Bayern) in den Alpen. Vom Ellenbogen bis zum Haldenwanger Eck sind es etwa 886 km (Luftlinie).
Die westlichste Landesstelle Deutschlands befindet sich in Nordrhein-Westfalen unweit von Isenbruch (westlichste Ortschaft des Staats), die östlichste Landesstelle Deutschlands liegt zwischen Neißeaue-Deschka (östlichste Ortschaft des Staats) und Neißeaue-Zentendorf in einer Flussschleife der Neiße. Von Isenbruch bis zur Flussschleife der Neiße bei Zentendorf sind es rund 636 km (Luftlinie).

Der geographische Mittelpunkt Deutschlands liegt in der Gemeinde Niederdorla im westlichen Thüringen auf halber Strecke zwischen Erfurt und Göttingen.

Die landschaftlichen Großräume unterscheiden sich vor allem in der Abfolge von Nord nach Süd, da das Gelände nach Süden hin tendenziell höher und steiler wird. Der nördliche Teil Deutschlands, die Norddeutsche Tiefebene, ist ein hauptsächlich von den Eiszeiten geformtes Tiefland, an das sich nach Süden die bewaldeten Mittelgebirge im Zentrum und in südlicheren Teilen des Landes anschließen. Insbesondere in Bayern, aber auch in Baden-Württemberg, gehen diese Landschaften in das relativ hoch liegende Nördliche Alpenvorland und dies wiederum in das Hochgebirge der Alpen über.

Deutschland grenzt mit den Bundesländern Niedersachsen und Schleswig-Holstein an die Nordsee. Diese ist ein Randmeer des Atlantiks. Zusammen mit dem Ärmelkanal ist die südliche Nordsee das am dichtesten befahrene Seegebiet der Erde. Mecklenburg-Vorpommern und Schleswig-Holstein liegen an der Ostsee, einem Binnenmeer, das über den Skagerrak mit der Nordsee verbunden ist. Der Tidenhub an der Ostsee ist wesentlich geringer als an der Nordsee.

Die deutschen Flüsse gehören zu sechs großen Flusssystemen, deren Einzugsbereiche fast die gesamte Fläche einnehmen. Diese sind der Rhein, die Donau, die Elbe, die Oder, die Weser, und die Ems. Der längste dieser Flüsse ist die Donau; sie ist mit 2.845 km ab dem Zusammenfluss von Brigach, Breg und der Donauquelle in Donaueschingen beziehungsweise 2.888 km ab der Breg-Quelle am Rande des Schwarzwaldes nach der Wolga der zweitlängste Strom in Europa. Allerdings verläuft nur ein kleiner Teil der Donau-Gesamtstrecke durch Deutschland (647 km). Die Donau mündet ins Schwarze Meer.
Alle anderen deutschen Flüsse entwässern in die Nord- oder Ostsee. Der Abschnitt der Europäischen Wasserscheide durch Deutschland verläuft östlich des Oberrheingrabens über den Hauptkamm des Schwarzwaldes, danach folgt sie der Schwäbischen und Fränkischen Alb. Der Rhein ist von diesen Strömen derjenige, der die längste Strecke innerhalb Deutschlands zurücklegt: Von seinem 1.320 km langen Flusslauf führen 865 km durch Deutschland. Er hat zudem für die Deutschen eine identitätsstiftende Rolle inne, die sich aus der Geschichte und zahlreichen Mythen und Sagen speist. Auch seine wirtschaftliche Funktion ist bedeutend: er ist eine der am stärksten befahrenen Wasserstraßen Europas.

Die Elbe entspringt im Riesengebirge an der Grenze Tschechiens zu Polen und mündet nach ungefähr 1.165 km – davon 725 km in Deutschland – bei Cuxhaven in die Nordsee. Sie gehörte zeitweilig zu den am meisten mit Schadstoffen belasteten Flüssen Europas, doch mittlerweile hat sich die Wasserqualität deutlich verbessert.

Die Oderquellen befinden sich in den tschechischen Beskiden. Nach wenigen Kilometern fließt die Oder nach Polen und in ihrem Mittellauf durch Schlesien. In ihrem Unterlauf bildet sie die deutsch-polnische Grenze um dann wieder in Polen bei Stettin in das Stettiner Haff zu münden. Als Swine fließt sie schließlich zwischen den Inseln Usedom und Wollin durch Swinemünde in die Ostsee.

Die Weser speist sich aus den Flüssen Werra und Fulda und entwässert den mittleren Teil Deutschlands. Die Einzugsgebiete von Oder und Ems liegen im äußersten Osten bzw. Westen.

Die Seen in Deutschland sind größtenteils in der Folge der Eiszeit entstanden, nach deren Ende sich ehemalige Gletschertäler (Gletscher- und Gletscherwasserabflussrinnen) teilweise mit Wasser füllten. Daher finden sich die meisten der großen Seen in ehemals von Inlandeis bedeckten Gebieten oder deren Vorland, insbesondere in Mecklenburg und dem Alpenvorland. Der größte mit deutschem Anteil ist der Bodensee, an den auch Österreich und die Schweiz grenzen. Der größte vollständig zu deutschem Staatsgebiet gehörende See ist die Müritz, die Teil der mecklenburgischen Seenplatte ist.

Die Alpen sind das einzige Hochgebirge, an dem Deutschland Anteil hat. Hier befindet sich mit der Zugspitze (2.962 m) der höchste Berg Deutschlands. Die Mittelgebirge nehmen tendenziell von Nord nach Süd an Höhe und Ausdehnung zu. Höchster Mittelgebirgsgipfel ist der Feldberg im Schwarzwald mit 1.493 m, gefolgt vom Großen Arber im Bayerischen Wald mit 1.456 m. Gipfel über 1.000 m erreichen außerdem das Erzgebirge, das Fichtelgebirge, die Schwäbische Alb und als Sonderfall der Harz, der sich recht isoliert als nördlichstes Mittelgebirge in Deutschland mit dem Brocken auf 1.142 m erhebt. Nördlich der Mittelgebirgsschwelle erheben sich nur noch vereinzelte Formationen über 100 m, von denen der Hagelberg im Fläming mit 200 m die höchste ist.

Die niedrigste begehbare Landesstelle Deutschlands liegt bei 3,54 m unter Normalnull in einer Senke bei Neuendorf-Sachsenbande in der Wilstermarsch (Schleswig-Holstein). Ebenfalls in diesem Bundesland befindet sich die tiefste Kryptodepression: Sie liegt mit 39,10 m u. NN am Grund des Hemmelsdorfer Sees nord-nordöstlich von Lübeck. Die tiefste künstlich geschaffene Stelle liegt bei 293 m u. NN am Grund des Tagebau Hambach östlich von Jülich in Nordrhein-Westfalen.

Inseln Gemessen an der Küstenlinie verfügt Deutschland über eine beachtliche Zahl an Inseln. Diese sind in der Nordsee meist in Form von Inselketten dem Festland vorgelagert. Unterteilt werden sie in die nordfriesischen und die ostfriesischen Inseln, die Bestandteil des deutschen Wattenmeeres sind. Die zu Deutschland gehörenden nordfriesischen Inseln gehören zu Schleswig-Holstein und bestehen aus den größeren Inseln Sylt, Föhr, Amrum und Pellworm. sowie den wesentlich kleineren Halligen. Nordstrand ist seit der Eindeichung des Beltringharder Koogs eine Halbinsel. Sie stellen Festlandsreste dar, die durch Landsenkung und nachfolgende Überflutung von der Küste getrennt wurden. Die zu Niedersachsen gehörenden ostfriesischen Inseln sind von der Größe her sehr ähnlich. Bei ihnen handelt es sich um Barriereinseln, die durch die Brandungsdynamik aus Sandbänken entstanden. Größte dieser Inseln ist Borkum. Einen Sonderfall stellt die weiter in der Nordsee gelegene Insel Helgoland dar.

Die Inseln in der Ostsee liegen an der deutschen Boddenküste, sind tendenziell größer und weisen ein stärker bewegtes Relief auf. Die größte dieser Inseln und gleichzeitig größte deutsche Insel ist Rügen, gefolgt von Usedom, deren Ostzipfel bereits zu Polen gehört. Wie die Nordseeinseln sind auch die Ostseeinseln beliebte Reiseziele und von bekannten Seebädern gesäumt.

Auch in einigen deutschen Binnengewässern gibt es Inseln, von denen die bekanntesten Mainau und Reichenau im Bodensee sowie Herrenchiemsee im Chiemsee sein dürften.